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一个月前，吴捷指挥右二军在田家镇附近江面与湘军水师大战。右二军在水战中占据上风，但无益于整体战局。
太平军在田家镇败局已定。田家镇之后，湘军的下一个目标就是九江。届时，复兴会将不得不全力与湘军决战。
吴捷运筹帷幄，指挥若定。
首先，集中兵力，准备迎战。
水战之后，吴捷立即带战时司令部返回九江，再次调兵遣将，全力备战。
为准备九江之战，湘军倾巢出动，又从湖南调来万余新军，水陆军达到两万余人。
吴捷也竭力抽调兵力，争取在九江之战中抢占主动。
左七军各师可保留一团兵力，用于防守各自辖区。其余兵力全都集中到九江附近，由复兴会集中统一指挥。
除此之外，复兴会还需分兵固守中兴公司、姑塘水师基地两大要点。
城外各学堂、工厂、农业讲习所等，全部进入战时体制，或迁入九江城、中兴公司、姑塘水师基地，或迁至远离战火的饶州府。
右二军相对集中，主要部署在姑塘水师基地、九江江面。
左七军在江北留有一团兵马，约两千人，主要负责在湘军背后打游击。
兴国一带，二师三团团长王铮率领两千人马，会同太平军胡万智部，坚持在敌后打游击，吴捷授予其独立师的番号。
二师师长倪云鹏负责保卫中兴公司，手下有三千人。
三师师长雷振邦负责守卫九江府城，手下有三千人。
姑塘水师基地由右二军复兴委员张允华负责守卫，抽调右二军两千人、各式战船数十艘。
吴捷亲自坐镇九江，手下还有水陆军一万六千人，作为机动兵力对抗湘军。
其中，陆军一万两千人，由左七军军长冯桂芳统领，一师师长徐琛作前敌统帅；水军四千人，由右二军军长史潘西统领，参谋长崔克作前敌统帅。
吴捷特别强调，攻守态势并非一成不变。譬如倪云鹏以两千人守卫中兴公司，假若湘军不来围攻中兴公司，倪云鹏即可转守为攻，分出兵力加强其他地方。
除复兴会的兵力外，太平军石达开坐镇湖口，是此次九江之战的总统帅，属下有两万精兵。
秦日纲、陈玉成两位太平军大将，退守安徽宿松、太湖，拥有两万残兵，从江北威胁湘军后路。
罗大纲坚守小池口，在小池口、梅家洲有一万兵马。
就人数而言，太平军是胜过湘军的。
第二，建立水师优势。
湘军之所以能够迅速突破田家镇天险，主要靠水师。
陆师罗泽南、塔齐布在半壁山、富池连战多日，死伤惨重，却进展不大。
彭玉麟、杨载福两位水师大将出其不意地熔断铁索，深入敌后，烧毁太平军战船、辎重，一举打破战场僵局。
此时的湘军水师，共有大小战船两百四十余艘，各类辎重船两百二十余艘，水兵五千余人。
与田家镇一样，九江紧临长江，又背靠鄱阳湖。若想守住九江，必须水陆联防。若想夺取战场主动权，必须建立水师优势。
复兴会右二军中有铁牛舰十二艘，另有其他老式蒸汽战舰四艘、西式帆船四艘。这二十艘战船，是复兴会水师主力战船，全部归属右二军一师。
一年来，姑塘造船厂开足马力，生产出十四艘铁牛舰，其中两艘卖给了太平军大将林启荣。造船厂的蒸汽机库存即将告罄，造船厂不得不自行研制蒸汽机，造船速度进一步放慢。
1854年6月29日，满清官员、上海道台吴健彰与英、美、法三国领事达成协议，由英国人威妥玛、美国人贾流意、法国人史亚实为司税，组成关税管理委员会。
从此，上海海关行政管理权落入外国侵略者手中。外国侵略者也开始转而立场，从“严守中立”变为“勾结满清”，开始帮助满清镇压国内反叛力量。
在上海，洋人直接下场，帮助清军镇压小刀会起义军。各国公使严禁本国商人售卖武器给太平军。同时，清军从广东调来红单船，严密封锁长江下游航道。
复兴会从上海采购蒸汽机、武器等，变得越来越困难。